少量的食用兰香子利用其中的膳食纤维，刺激胃酸的分泌，促进胃肠的蠕动可**便秘，但这食物中膳食纤维太高，100g中含膳食纤维在25g以上，不适合多吃，摄入太多反而会引起粪便过于干燥，反而出现便秘、腹胀症。
兰香子成分比较复杂，含有很多植物性蛋白质，其中部分是异体蛋白，有致过敏的可能，尤其是过敏体质的人和小孩不适合食用。
兰香子中含有一种草蒿脑物质，是一种基因毒性天然成分，在孕期食用有致畸的可能，并且兰香子中草蒿脑的含量还很高，因此，孕妇不建议食用。
兰香子的子仁中含有大量的不饱和脂肪酸，甚至已经达到了可以榨油的浓度，不饱和脂肪酸虽然是人体必须脂肪酸，若是食用过多也会导致脂肪在体内囤积，引起肥胖。
