有胃炎、消化道溃疡等肠胃疾病的人群是不宜食用灵芝孢子粉的，因为灵芝孢子粉对肠胃会造成一定的影响，本身有肠胃疾病人群去食用就可能会加重肠胃不适症状，特别是严重胃溃疡患者，食用之后很容易出现胃出血、穿孔等危害。
过敏性体质人群也不宜食用灵芝孢子粉，不然食用不当很容易诱发咳嗽、咳痰、胸闷等呼吸道过敏症状，并且皮肤粘膜上还可能会出现水肿、皮疹等不良反应。
灵芝孢子粉属于一种保健品，而少年儿童正好处于生长期，本身的人体免疫系统就会受到一些限制，其实正常健康的孩子是不需要服用灵芝孢子粉的。
灵芝孢子粉属于大补食物，所以不建议那种机体内热过重的人食用，不然食用之后会导致机体内热加重，很容易诱发咽喉肿痛、口舌生疮、大便干结、尿黄等上火症状。
